Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter des Projektmanagements der NEPTUN WERFT steuern den Bau der einzelnen Flusskreuzfahrtschiffe und der schwimmenden Maschinenraummodule (FERU = Floating Engine Room Units). Die Projektleitung konzentriert sich auf die wesentlichen Fragen des Projektmanagements: Sie hält den engen Kontakt zur Reederei, zur Klassifikationsgesellschaft und zur Bauaufsicht und stützt sich beim Bau der Schiffe auf die Arbeit der Abteilungen und Gewerke. Die Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter managen in enger Zusammenarbeit mit dem Projektkernteam die Entwicklung des Schiffs beziehungsweise des schwimmenden Maschinenraummoduls, sie entscheiden mit über die Auswahl an Komponenten und Lieferanten und verantworten den Bau, die Inbetriebnahme und die Übergabe des Flusskreuzfahrtschiffs an die Reederei beziehungsweise die Ablieferung des schwimmenden Maschinenraummoduls. Zudem koordinieren und bearbeiten sie Garantieansprüche der Reedereien während der Garantiezeit.

Im Projektmanagement beschäftigt die NEPTUN WERFT Menschen verschiedener Berufsgruppen, die meisten von ihnen haben eine technische Ausbildung oder ein technisches Studium absolviert